卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。通常子宫内膜生长在宫腔内，并受体内雌孕激素的影响，每月脱落，形成月经排出。若子宫内膜种植到卵巢，并随同月经周期反复脱落出血，就会形成内含陈旧性积血的囊肿，看上去像“巧克力酱”。
巧囊为什么会影响怀孕呢?因为，增大的囊肿本身可以破坏周围正常的卵巢组织，导致卵泡数目减少且发育不良;另一方面囊肿带来的炎症反应会影响正常的卵泡发育和排卵;同时巧克力囊肿到处粘连，四处流窜，可导致盆腔器官粘连、输卵管扭曲变形。
(1)巧囊不同于普通的卵巢囊肿。普通的卵巢囊肿就像橘子里的果实，只要把橘子皮(相当于卵巢皮)打开，里面的橘肉(相当于囊肿)便完整的剥离出来了。而巧囊更像是苹果烂了心，囊肿与正常的卵巢组织之间分界不清，会浸润破坏周围正常的卵巢组织，降低卵巢功能，影响卵子质量。
(2)巧囊造成局部无菌性炎症反应，形成卵巢周围粘连并破坏局部的微环境，影响排卵及阻碍输卵管伞端“拾卵”。
(3)影响盆腔微环境，改变精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加而破坏在正常位置的子宫内膜的正常代谢及生理功能。
由巧囊的发病过程可知，只要有月经，巧囊就会随着月经而生长，像野草一样，只有绝经后才会停止生长甚至萎缩，所以，需要患者及早采取措施进行治疗，还是无法自然怀孕的可以选择试管婴儿助孕治疗的。
